医学实验中心成立于2006年3月，是中国中医科学院科技体制改革调整过程中，由科技部、财政部、中编办和国家中医药管理局批准成立的公益性中医药科研机构，编制100人。

中心现已构建了较为系统的中医药实验技术研究平台，包括：分子生物学、形态学、机能、物质分析检测、微透析、四诊信息、免疫学、细胞学、骨与关节疾病实验研究平台，可为中医、中药、针灸及中医临床等各个领域开展中医药现代研究及中医药实验方法学探索提供技术支撑。本中心已被北京市科委认证为“北京市中医药防治重大疾病基础研究重点实验室”，同时是“道地药材国家重点实验室”培育基地之一。