国家基因组科学数据中心中医药分中心

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  国家基因组科学数据中心中医药分中心(中医药基因组科学数据中心于2024年6月成立,旨在面向我国人口健康和社会可持续发展的重大战略需求,建立中医药生命组学与健康大数据开放共享与整合挖掘研究体系,研发中医药大数据前沿交叉与转化应用的新方法和新技术,为科研人员提供更加便捷、高效的数据获取途径,从而推动中医药的创新与发展。  

 科学研究

  主要研究方向:

  1.中医药基因组科学数据资源标准化体系;

  2.中医药生命组学大数据底座建设;

  3.中医药健康大数据生物语言基座模型;

  4.中医药前沿交叉智能计算平台。

  特色数据资源:

  1. 中医四诊客观化信息数据(健康人、孕妇、慢病患者);

  2. 中医特色临床疾病的证候病人生物样本蛋白质组、代谢组数据资源;

  3. 中医药基础研究疾病动物模型器官蛋白质组、代谢组、转录组及质谱成像数据资源;

  4. 药用动植物的叶绿体(线粒体)基因组,核基因组、基因注释、比较基因组、转录组、蛋白结构组、代谢组、名贵中药种质的重测序等特色数据资源。


特色数据库


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https://ngdc.cncb.ac.cn/cgirhttps://ngdc.cncb.ac.cn

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整合药用植物组学平台
http://www.bic.ac.cn/IMP

信息服务

  一、多组学数据整合分析

  关键词:多组学整合

  1、转录组差异基因筛选及功能富集分析:差异基因计算、主成分分析(PCA)、数据可视化

  (聚类热图;火山图;箱式图),包富集分析,基因/蛋白功能富集分析等。

  2、多组学数据与临床预后分析:基因突变分析、在线预后分析、相关性分析及散点图制作等。

  3、转录组与蛋白组整合分析:Venn 图制作、蛋白与蛋白互作关系预测、网络图构建与美化等。

  4、蛋白组与代谢组整合分析:代谢物功能富集分析、pathway map制作等。

  5、全转录组整合分析:各类RNA简介及ceRNA介绍、miRNA测序报告解读、circRNA测序报告解读、miRNA分析、lncRNA分析等。

  二、基于生物信息学的靶点预测

  关键词:靶点药物相互作用,药效靶点预测

  1、分子对接预测药物靶点:根据受体活性位点与药物分子的性质和形状的互补性,调整受体活性位点柔性残基或药物的构象,计算对接时不同取向的药物与受体的相互作用能量来评估受体与配体的作用方式。

  2、反向找靶:反向分子对接方法、基于生物活性谱图分析等。

  3、超高通量虚拟筛选:基于2D/3D结构相似性的虚拟筛选、基于药效团模型的搜索。

  4、药物设计计算:药物衍生物库设计、ADMET、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等。

  三、计算化学个性定制服务


第一性原理分子动力量子化学

关键词:性质计算,周期性体系关键词:性质计算,周期性体系
计算内容包括但不限于:
1、分子几何结构计算:键长、键角、二面角、晶格常数等。
2、体系物理性质计算:介电常数、磁导率、热导率、界面热阻等。
3、电子性质计算:能带、费米能级、电荷密度、电荷差分密度、态密度、等。
4、能量计算:吉布斯自由能、吸附能、掺杂能、形成能等。

关键词:生物机理,药物发现
计算内容包括但不限于:
1、蛋白质模型建立:同源建模,AF3等。
2、分子对接:生物体系中任何分子之间的相互作用构象的对接预测。
3、分子动力学模拟:生物体系的弱相互作用分析、受体-配体结合过程、结合自由能分析、构象功能分析、粗粒化模拟等
4、分子动力学模拟结果可视化:回旋半径(RMSF)、径向分布函数(RDF)、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等。

关键词:反应机理,合成路径
计算内容包括但不限于:
1、分子性质预测:静电势、偶极矩、轨道、键级、极化率、电子亲和能、自旋密度、电子转移等。
2、化学反应机理:寻找反应过渡态,优化构象从而计算反应能垒,推测反应机理。
3、激发态反应:激发态结构确定、激发能、跃迁偶极矩、荧光光谱、磷光光谱、势能面交叉研究等
4、弱相互作用:计算和评价氢键、盐桥、π-π堆积、疏水作用力等。
5、光谱预测:红外、拉曼、紫外吸收、荧光、磷光、核磁谱、圆二色谱、旋光度。


联系我们

  一、分中心负责人:

  袁媛 研究员

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